Ich probiere Dir mal zu helfen, wobei ich mit Atrac3 nicht wirklich Erfahrung habe.

Als ersten Schritt brauchst Du ein Wave-File von Deinem MP3. Das geht mit jedem Player. Einfach Diskwriter-Plugin auswählen und fertig. Wenn Du nicht weißt wie das geht, dann poste nochmal. Hinweise dazu gibts auch hier:
http://forum.audiograbber.de/?board=8;action=display;threadid=1525

Nächster Step ist Umwandlung des Wave-Files in ein Atrac3-File. Dazu geh doch bitte mal auf die Downloadseite von Audiograbber, da findest Du etwas weiter unten den Encoder für Atrac3. Dort ist auch beschrieben, wie man den in den AG als internen Encoder einbinden kann.
http://www.audiograbber.de/download.phtml

Dann klickst Du im Menüt von Audiograbber auf den Button MP3, wählst die Registrierkarte "interner Encoder" und wählst den Atrac3-Encoder und Deine Einstellungen aus. Anschließend auf den Button "Aus Datei erstellen" klicken und das von Dir eben erstellte Wave-File auswählen und auch "Öffnen" klicken. Nun sollte der Audiograbber mit der Kodierung starten.

Bitte beachten, dass Atrac3 ebenfalls die Dateiendung .wav besitzt. Also nicht wundern, wenn das File genauso heißt wie vor dem komprimieren.

Grüße Spunky