Audacity ist kostenlos und ermöglicht das Speichern in mp3 nach der Bearbeitung. Mit ein wenig Einarbeitung sollte es damit recht zügug gehen.
Ein direkter weg fällt mir im Moment nicht ein. Es sei denn jemand kennt einen LAME Parameter mit dem man den Encoder anweist, nur einen Kanal zu encodieren. Dann könnte man mittels MAREO erst den rechten und dann den linken Kanal encodieren...