Klasse, da tippt man eine Antwort, und in der Zwischenzeit sind zig neue dazu gekommen - da soll nachher nochmal einer durchblicken... 
Nachdem sich das mit den Datenströmen ja geklärt hat wieder zurück zu den Fenstern:
Klar gehen immer DOS-Fenster für die EXE auf, egal in welcher Einstellung. Bloß haben die auf meiner Kiste zeitweise den Windows-Fokus an sich gezogen (d.h. das aktive Fenster, an das alle Tastatureingaben geschickt werden). Das lief dann ungefähr so:
Ich in Word am tippen. AG/lame im Hintergrund fängt 'ne neue Datei zu encoden an. DOS-Fenster geht auf, innnen Vordergrund, wird auch gleich wieder minimiert - bloß Word wird nicht mehr aktives Fenster, d.h. ist noch im Vordergrund, aber nicht mehr aktiv (graue statt blaue Titelleiste). Folge: Muüßte erst zur Maus greifen und in Word klicken, um wieder dort weitertippen zu können. Auf Dauer ziemlich nervig 
Mit "hat sich erledigt" meinte ich: Das war ein paar Abende so, und ist es jetzt nicht mehr. Jetzt macht er das DOS Fenster entweder gleich minimiert auf, oder aufmachen und minimieren geht so schnell, daß ich's nicht mehr mitkriege - auf jeden Fall bleibt die Anwendung im Vordergrund aktiv.
Und, nein, ich hab' keine Ahnung, wieso. Ich hab' wissentlich weder an den AG- noch an Windoof-Einstellungen was geändert. ???
Eckart